Přehled mutací COVID-19: Reálný stav a rizika

Slovníček:

• Genetická informace - zápis v informační molekule (DNA, RNA), umožňuje identifikaci viru a určuje jeho vlastnosti
• Mutace / Varianta - změna v genetické informaci, mutovaný vir (britský, jihoafrický) má část své genetické informace pozměněný oproti standardní variantě. Mutací vzniká spoustu, pouze zlomek jich je klinicky relevantních. S počtem nakažených (resp. replikací viru) roste pravděpodobnost vzniku mutace a jejího fixování v populaci, proto většinou přichází v více zasažených oblastí (UK, USA, Brazílie). Varianta v sobě většinou zahrnuje více mutací, pro potřeby tohoto dokumentu jde o záměnný termín.
• Sekvenování / Sekvencování - “Přečtení” celé genetické informace viru, čte se pomocí sekvenátoru, je to poměrně drahé a analyticky náročné, v našich podmínkách těžko použitelné. Umožňuje zjistit i zcela nové mutace, vyhodnotit jejich klinický význam lze až zpětně. 
• PCR - metoda, která řekne, zda se ve vzorku nachází konkrétní krátká část genetické informace, standardně se pro to volí konzervativní části viru (ty, které mutují nejméně), tak aby mutované vzorky nevycházely falešně negativní.
• Multiplex PCR - metoda, která zjišťuje, zda se ve vzorku nachází více konkrétních krátkých částí genetické informace, lze připravit tak, aby metoda zjistila, zda se ve vzorku vůbec nachází COVID-19 (konzervativní část) a zároveň, zda se jedná o konkrétní mutovanou variantu. Oproti sekvenování relativně levné a jednoduché, musí ale jít o již popsané varianty COVIDu, zcela nová mutace se odhalit nedá. Ne každá laboratoř, která dělá PCR, dělá nutně i multiplex PCR.

Přehled relevantních mutací

Britská varianta (B.1.1.7)
Poprvé se začala výrazněji manifestovat v říjnu 2020 v na jihovýchodě UK, kde pravděpodobně nastartovala další vlnu. Tato varianta je výrazně nakažlivější (odhady hovoří o 30 až 70 % oproti standardnímu koronaviru), výrazným rozdílem je rovněž dopad na dětskou populaci, ve které se tato varianta pravděpodobně snáze šíří, nezdá se však, že by byla pro děti jinak výrazně více nebezpečná, může však značným způsobem komplikovat návrat do škol. Zdá se, že tato varianta dostává vyšší podíl lidí do nemocnic, nezdá se však, že by měla výrazně vyšší smrtnost oproti standardnímu koronaviru. V tuto chvíli je tato varianta přítomna v ČR, v některých oblastech je pravděpodobně rozšířena výrazně (Trutnov, Náchod), což také dokládá stav v tamějších nemocnicích. Evidence však není kvalitní, jedná se o zobecnění situace na necelých 100 osobách, které je zcela nedostatečné, jde o zřejmé selhání SZÚ. Taktéž chybí data, v jakých okresech se sekvenuje či případně provádí multiplex PCR, stát laboratoře k testování na nové mutace nemotivuje a situaci systematicky nesleduje. Z hlediska dopadů na efektivitu vakcinace se tato varianta jeví jako relativně bezpečná, respektive byl pozorováno pouze slabé snížení efektivity.

Jihoafrická varianta (501.V2)
Obdobně jako v případě britské varianty se více šíří v mladších kohortách, v tomto případě mezi teenagery. Těžko odlišit zda se jedná o vlastnost viru, či rizikové chování. Opět zde tedy plyne zvýšené riziko pro návrat do škol. Na rozdíl od Britské je však Jihoafrická varianta prokazatelně spojena s výrazně závažnějším průběhem onemocnění a vyšší smrtností. Pravděpodobně tato varianta unikla imunitnímu systému, tj. prodělaná infekce či dostupné očkování proti této variantě nechrání zdaleka tak efektivně, například v případě vakcíny Novavax klesla efektivita z 90 na 60 % . V tuto chvíli byla tato varianta detekována v sousedním Německu a Rakousku.

Brazilská varianta
Poprvé pozorována na začátku roku 2021, zatím toho příliš nevíme. Zdá se, že ve velké míře způsobuje reinfekce, tj. imunita získaná předchozí infekcí nechrání. Již se objevila v Německu. 

Shrnutí globální situace
Popsaných mutací / variant je mnohem více, je však důležité uvědomit si, že vznik nových mutací roste s počtem pomnoženého viru (replikací), tj. i s počtem nakažených. Zdaleka ne každá mutace z viru dělá většího zabijáka. Např. SZÚ již popsalo Českou variantu, otázkou však je, jak moc se klinicky liší od standardního koronaviru. V tuto chvíli se na nás bude valit hrozné množství mediálních zkratkovitých informací o mutaci / variantě ze Slovenska, Portugalska, USA apod., protože jsou to velmi lákavé titulky, reálný význam však bude mít pouze zlomek z popsaných variant. V tuto chvíli se globálně vyskytuje několik variant koronaviru, které jsou reálně nebezpečné z hlediska vyšší nakažlivosti (minimálně Britská a Jihoafrická), odolnosti vůči získané imunitě (Jihoafrická, Brazilská) a návratu do škol (pravděpodobně všechny).

Co do budoucna?
Většina lidí by pravděpodobně volala po selektivním testování (sekvenace, multiplex PCR), to má samozřejmě svůj význam, ale otázkou je, jak vlastně s takto získanou informací naložit. Tedy jak se změní náš přístup, pokud tuto informaci budeme znát? Testování na nové varianty je však zcela objektivně nedostatečné - situaci v ČR lze pouze odhadovat, sekvenování děláme stále v relativně malých číslech(bohužel SZÚ v tomto zaspalo), a místa v ČR, kde provádí multiplex PCR se zaměřuje jen a pouze na Britskou variantu, ostatní nám unikají. Mutace/varianty by však rozhodně měly hrát svoji roli v restrikcích při cestování, především pak návratové testování by mělo toto riziko reflektovat, což se neděje.

Autor: Jan Novák, Bára Malíková, Josef Pavlovic

Štítky: #covid 19 #koronavirus #pandemie #zdravotnictví